Los cuyes o cobayas son originarios de Sudamérica, en la región andina (hoy conocida como Colombia, Ecuador, Perú y Bolivia).
Aunque ahora están totalmente domesticados, solían vivir en zonas rocosas y llanuras cubiertas de hierba. Al igual que los conejillos de indias actuales, los conejillos de indias salvajes eran sociales y vivían en pequeños grupos con un jabalí (macho) y varias cerdas (hembras) junto con las crías (bebés).
Aunque no construían su propio nido o madriguera, solían refugiarse en madrigueras creadas por otros animales o en grietas y túneles naturales del paisaje.
